Bohuslav Balbín psal výhradně latinsky. Uvědomoval si svízelnou situaci českého národa a literatury a snažil se ji řešit. Snažil se psát proti necitlivé rekatolizaci a germanizaci, za tyto názory byl pronásledován. V letech 1642-45 vyučoval na jezuitských školách v Praze a Třeboni. Od roku 1646 studoval v Praze teologii, pokračoval ve sbírání historických pramenů a psal latinské básně. V roce 1649 byl vysvěcen na kněze a poté působil na vlastní žádost několik let jako misionář v různých českých krajích. Podle vlastních slov se mu podařilo získat pro katolickou víru několik set lidí, aniž by použil pohrůžek či násilí.
Při příležitosti korunovace Ferdinanda IV. českým králem v roce 1646 vydal Bohuslav Balbín spis Legatio Apollinis coelestis ad universitatem Pragensem etc.. Za toto veršované dílo byl později poslán do vyhnanství do Klatov za "podezření z přílišné lásky k národu". Hlavní cíl své práce spatřoval v díle o českých dějinách Epitome rerum Bohem – Výtah z dějin českých.
V díle Dissertatio apologetica pro lingua Slavonica, praecipue Bohemica – Rozprava na obranu jazyka slovanského, zvláště českého, známém též pod názvem Balbínova obrana, přesvědčuje o schopnostech češského jazyka a snaží se o její vzkříšení. Toto dílo nevyšlo oficiálně a šířilo se opisem. Svůj účel dílo bohužel nesplnilo, protože bylo pojato příliš odborně.
Bohuslav Balbín dále vydal popis tří hlavních míst v Českém království zasvěcených Panně Marii:
Díla historická, politická a životopisná:
Balbín se věnoval teké pedagogické činnosti a publikoval učebnice: