TY-3 gypsy Copy Number is Correlated with Genome Size in Subtribe Hieraciinae (Lactuceae, Asteraceae)

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Pedagogickou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Název česky Počet kopií TY-3 gypsy koreluje s velikostí genomu u subtribu Hieraciinae (Lactuceae, Asteraceae)
Autoři

ŠMERDA Jakub KRAK Karol FEHRER Judith BUREŠ Petr ZEDEK František ZAHRADNÍČEK Jaroslav CHRTEK Jindřich

Rok publikování 2012
Druh Konferenční abstrakty
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
Popis Fylogenetické studie odhalily, že subtribus Hieraciinae sestává ze tří hlavních fylogenetických linií: (1) Pilosella / Hispidella, (2) Hieracium sl, a (3) Andryala. Tyto skupiny se od sebe liší v reprodukční strategii a frekvenci polyploidie. Cílem studie bylo (1) doplnit znalosti o velikosti genomu v rámci Hieraciinae a (2) prozkoumání jak evoluce velikosti genomu souvisí s četnosti gypsy-retrotranspozonů v subtribu. Genomové velikosti 14 druhů a poddruhů Andryala byly stanoveny pomocí průtokové cytometrie. Hustota gypsy-retrotransposonů byla stanovena pro genomy 23 diploidních taxonů se známou velikostí genomu, reprezentujících všechny tři hlavní vývojové linie Hieraciinae, a to pomocí (1) kvantitativní PCR a (2) Southern dot blot analýzy. Zásadní rozdíly ve velikosti genomu byly nalezena mezi třemi hlavními fylogenetickými liniemi Hieraciinae. V 1CX hodnotách se lišily 1,22-krát (3.51-4.34 pg) u Hieracium, 1,26-krát (1,72 až 2,16 pg) u Pilosella a 1,66-krát (1,54 - 2,56 pg) u Andryala. Pozitivní korelace mezi monoploidní velikostí genomu a hustotou gypsy-retrotransposonů byla nalezena v kompletním datovém souboru. Celkový genomický podíl repetitivní DNA zastoupené gypsy-retrotransposony se pohyboval od 11,4% v rodě Andryala až po 51,0% v rodě Hieracium s.str. Vývoj velikosti genomu v pokolení Hieraciinae je do značné míry spojen s proliferací gypsy-retrotransposonů.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.