Encephalitozoon spp. u volně žijících drobných savců – identifikace pomocí nested PCR a genotypizace
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2018 |
| Druh | Konferenční abstrakty |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Popis | K izolaci DNA bylo použito 100 vzorků jater drobných hlodavců a hmyzožravců odchycených v oblastech CHKO Moravský kras a CHKO Poodří. V případě single PCR byly použity 2 primery specifické pro E. cuniculi, tento parazit byl detekován u jednoho jedince (1 procento). Dvě sady primerů použité v nested PCR umožňují detekci více mikrosporidiálních parazitů. Rozlišení jednotlivých rodů je CHKO Poodří (14,9 procent), z jedinců odchycených v CHKO Moravský kras bylo pozitivních 5,7 procent zvířat. Pro rozlišení jednotlivých druhů byly pozitivní vzorky zaslány na sekvenaci do laboratoří firmy Macrogen. Genotypizace byla úspěšně provedena pouze u tří vzorků, na základě porovnání získaných sekvencí s údaji uvedenými v databázi BLAST se u všech tří případů jednalo o E. cuniculi. Na základě výsledku lze říci, že nested PCR je oproti single PCR pro detekci parazitů Encephalitozoon spp. výrazně citlivější a vzhledem k velikosti výsledného PCR produktu. Parazité rodu Encephalitozoon byli detekován u 10 jedinců (10 procent). Kromě základní single PCR existuje i několik modifikací a jednou z nich je nested PCR, která spočívá ve dvou na sebe navazujících reakcích. Cílem mé práce bylo porovnat citlivost těchto dvou metod pro detekci parazitů Encephalitozoon spp. a zároveň zjistit rozšíření tohoto parazita u volně žijících drobných savců na území České republiky. |