BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors

Varování

Publikace nespadá pod Pedagogickou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	VELECKÝ Jan BEREZNÝ Matej MUSIL Miloš DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David MAZURENKO Stanislav
Rok publikování	2024
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	BIOINFORMATICS
Fakulta / Pracoviště MU	Přírodovědecká fakulta
Citace
www	https://academic.oup.com/bioinformatics/article/40/9/btae553/7755040?login=true
Doi	http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btae553
Klíčová slova	PROTEIN STABILITY; SERVER; MUTATIONS; CHALLENGES
Přiložené soubory	2434258.pdf 2434258_published_version.pdf
Popis	Protein design requires information about how mutations affect protein stability. Many web-based predictors are available for this purpose, yet comparing them or using them en masse is difficult. Here, we present BenchStab, a console tool/Python package for easy and quick execution of 19 predictors and result collection on a list of mutants. Moreover, the tool is easily extensible with additional predictors. We created an independent dataset derived from the FireProtDB and evaluated 24 different prediction methods.Availability and implementation BenchStab is an open-source Python package available at https://github.com/loschmidt/BenchStab with a detailed README and example usage at https://loschmidt.chemi.muni.cz/benchstab. The BenchStab dataset is available on Zenodo: https://zenodo.org/records/10637728
Související projekty:	CETOCOEN Excellence e-Infrastruktura CZ Národní ústav pro neurologický výzkum ELIXIR-CZ: Česká národní infrastruktura pro biologická data Výzkumná infrastruktura RECETOX