Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Pedagogickou fakultu, ale pod Lékařskou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

STROUHAL Michal ŠMAJS David

Rok publikování 2004
Druh Článek ve sborníku
Konference Sborník abstraktů XIII. konference mladých mikrobiologů Tomáškovy dny 2004
Fakulta / Pracoviště MU

Lékařská fakulta

Citace
Obor Genetika a molekulární biologie
Klíčová slova Treponema pallidu; restriction mapping
Popis Na základě kompletní sekvence genomu T. pallidum subsp. pallidum (Fraser a kol., 1998) bylo vymezeno 81 oblastí (TPI intervaly) v rámci celého genomu T. pallidum subsp. pallidum a pro každou oblast byla navržena kombinace příslušných primerů. Každý z těchto intervalů byl amplifikován pomocí XL PCR a PCR produkty byly štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I a Hind III (nebo Spe I, Xba I a Xho I). Takto získaný profil byl použit k determinaci heterologních úseků DNA jednotlivých treponemálních kmenů. Heterologní oblasti budou dále sekvenovány a charakterizovány. Velikost amplifikovaných oblastí byla mezi 1778 bp (TPI76) a 27138 bp (TPI62). Doposud byl získán restrikční profil 32 oblastí (33 % genomu) u studovaných treponemálních kmenů. Pouze u jedné z těchto oblastí (TPI48) byl zjištěn rozdíl ve velikosti amplifikovaného PCR produktu u T. paraluiscuniculi oproti zbývajícím treponemálním kmenům. Jedná se o deleci o velikosti přibližně 1 kb. Interval TPI48 je dlouhý 11460 bp a zahrnuje 10 genů (nifS-1, nifU, rpiA, tprI, tprJ, dniR a čtyři kódující oblasti o neznámé funkci). U zbývajících 31 oblastí byl nalezen pouze odlišný restrikční profil. Tyto výsledky naznačují vysokou míru sekvenční homologie mezi vyšetřenými kmeny.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.