Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2004 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | Sborník abstraktů XIII. konference mladých mikrobiologů Tomáškovy dny 2004 |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Genetika a molekulární biologie |
| Klíčová slova | Treponema pallidu; restriction mapping |
| Popis | Na základě kompletní sekvence genomu T. pallidum subsp. pallidum (Fraser a kol., 1998) bylo vymezeno 81 oblastí (TPI intervaly) v rámci celého genomu T. pallidum subsp. pallidum a pro každou oblast byla navržena kombinace příslušných primerů. Každý z těchto intervalů byl amplifikován pomocí XL PCR a PCR produkty byly štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I a Hind III (nebo Spe I, Xba I a Xho I). Takto získaný profil byl použit k determinaci heterologních úseků DNA jednotlivých treponemálních kmenů. Heterologní oblasti budou dále sekvenovány a charakterizovány. Velikost amplifikovaných oblastí byla mezi 1778 bp (TPI76) a 27138 bp (TPI62). Doposud byl získán restrikční profil 32 oblastí (33 % genomu) u studovaných treponemálních kmenů. Pouze u jedné z těchto oblastí (TPI48) byl zjištěn rozdíl ve velikosti amplifikovaného PCR produktu u T. paraluiscuniculi oproti zbývajícím treponemálním kmenům. Jedná se o deleci o velikosti přibližně 1 kb. Interval TPI48 je dlouhý 11460 bp a zahrnuje 10 genů (nifS-1, nifU, rpiA, tprI, tprJ, dniR a čtyři kódující oblasti o neznámé funkci). U zbývajících 31 oblastí byl nalezen pouze odlišný restrikční profil. Tyto výsledky naznačují vysokou míru sekvenční homologie mezi vyšetřenými kmeny. |
| Související projekty: |