Influence of Ion Parameters On Molecular Dynamics and/or Free Energy Calculation

Varování

Publikace nespadá pod Pedagogickou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Název česky Vliv parametrů iontů na výpočet molekulové dynamiky a/nebo volné energie
Autoři

FADRNÁ Eva KOČA Jaroslav ŠPONER Jiří

Rok publikování 2005
Druh Článek ve sborníku
Konference Workshop on Modelling interactions in Biomolecules II
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
Obor Biofyzika
Klíčová slova molecular dynamics simulations; human telomere; free energy
Popis Molecular modeling studies of DNA quadruplexes by means of several computational approaches including ns-scale MD simulation, Locally Enhanced Sampling and MM-PBSA. Simple model of ion description influences entire potential energy surface and may shift the molecule from experimental geometry. A lot of attention should be paid to force-field adjustment in order to reach true picture of the structure.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.