Využití MALDI-MS pro identifikaci Pseudomonas spp.

Varování

Publikace nespadá pod Pedagogickou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

VÁVROVÁ Andrea TVRZOVÁ Ludmila ZDRÁHAL Zbyněk ŠEDO Ondrej LEXA Matej ŠVEC Pavel

Rok publikování 2006
Druh Konferenční abstrakty
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
Popis Bakterie rodu Pseudomonas jsou hojně zastoupeny v životním prostředí, potravinách a klinickém materiálu. Jeho hlavní význam spočívá v přítomnosti enzymatických drah uplatňujících se v biodegradaci a geochemických cyklech. Bakterie tohoto rodu jsou často izolovány z humánního a veterinárního klinického materiálu jako etiologické agens široké škály infekcí, včetně infekcí nozokomiálních a systémových. Klasifikace a identifikace izolátů z prostředí je problematická vzhledem k heterogenitě a genetické proměnlivosti v rámci rodu. Analýza celobuněčných preparátů metodou hmotnostní spektrometrie s laserovou desorpcí a ionizací za účasti matrice při měření délky letu ionizovaných části (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight, MALDI-TOF MS)je metoda, která se v současnosti začíná využívat pro typizaci a identifikaci mikroorganismů. Využívá specifických peptidových a proteinových profilů jednotlivých izolátů. Cílem naší práce bylo optimalizovat kultivaci, přípravu vzorku a podmínky pro hmotnostní analýzu. Z analýz byla získávána spektra proteinových a peptidových píků, která byla zpracovávána softwarem vyvinutým oddělením informačních technologií při fakultě informatiky Masarykovy univerzity. Zpracování dat umožnilo identifikaci a kvantifikaci píků, výpočet podobnosti mezi proteinovými spektry a klasifikaci vzorků. Výsledky metody byli porovnávány s výsledky jiných taxonomických metod. Podařilo se optimalizovat provedení MALDI TOF-MS pro analýzu bakterií rodu Pseudomonas a potvrdit jejich využitelnost v typizaci. Hlavními výhodami metody jsou vysoce reprodukovatelná spektra, rychlost analýzy a práce s malým objemem vzorku. Práce je podporována projekty MSM 0021622413.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.