Komparativní genomika patogenních kmenů T. pallidum.

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Pedagogickou fakultu, ale pod Lékařskou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

STROUHAL Michal MATĚJKOVÁ Petra ŠMAJS David

Rok publikování 2006
Druh Článek ve sborníku
Konference X. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků.
Fakulta / Pracoviště MU

Lékařská fakulta

Citace
Obor Genetika a molekulární biologie
Klíčová slova Comparative genomics; pathogenic strains of T. pallidum.
Popis Byly porovnány čtyři genomy blízce příbuzných kmenů zahrnující T. pallidum subsp. pallidum Nichols, T. pallidum subsp. pallidum SS14 (ve dvou nezávislých izolacích), T. pallidum subsp. pertenue Samoan D a T. paraluiscuniculi Cuniculi A metodou DNA fingerprintingu. Genomy studovaných kmenů byly rozděleny do 97 překrývajících se intervalů; tyto intervaly byly amplifikovány a štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I a Hind III. Jednotlivé restrikční profily byly použity k identifikaci heterologních oblastí. U kmene Cuniculi A byly kompletně deletovány geny TP0127, TP0128, TP0134 a TP0619; částečně deletovány geny TP0104 (ushA, 5-nukleotidáza), TP0129, TP0133, TP0135, TP0136, TP0315, TP0316 (tprF), TP0317 (tprG), TP0470, TP0545 (methylgalaktozid ABC-přenašeč), TP0548, TP0620 (tprI) a TP1029; dvě delece byly nalezeny v mezigenových oblastech TP0135-6 a TP0545-6. Kromě genů TP0104 a TP0545 se jedná o hypotetické geny s neznámou funkcí. Inzerce u kmene Cuniculi A byly zjištěny v genech TP0433, TP0434, TP0548 a TP1030 (hypotetické geny) a v mezigenových oblastech TP0009-10, TP0126-9, TP0135-6, TP0316-7 a TP0548-9. Mezi geny TP0009-10 byla vložena sekvence trpA/B genu (TP0009/11), mezi geny TP0126-9 byla vložena sekvence obsahující 2 ORF tprK genu (TP0897) a v místě TP0316-7 (tprF, tprG) byl detekován jeden ORF tprI genu (TP0620). U kmene Samoan D bylo nalezeno 7 delecí a 3 inzerce. Delece byly zjištěny v hypotetických genech TP0067, TP0133-TP0134, TP0136, TP0316 (tprF)-TP0317 (tprG), TP0470, TP1030-TP1031 (tprL) a v mezigenové oblasti TP0135-6. Mezi geny TP0126-7 byla vložena sekvence tprK genu (TP0897), další inzerce byly detekovány v genech TP0433 a TP0434 (hypotetické geny) a v mezigenové oblasti TP0548-9. U kmene Nichols a SS14 byly zjištěny změny v repetitivní oblasti genu TP0470 (konzervovaný hypotetický protein), v repetitivní oblasti genů TP0433 a TP0434 (hypotetické geny) a v mezigenové oblasti TP0126-7, kde byla detekována sekvence podobná tprK genu (TP0897). U kmene SS14 byla navíc nalezena delece v mezigenové oblasti TP0135-6. Výsledky naznačují vysokou míru sekvenční homologie mezi vyšetřenými kmeny. Rozdíly v genomech byly soustředěny zejména do skupiny tpr genů a do skupiny hypotetických genů, které se nacházejí v blízkosti tpr genů. Identifikovaných nukleotidových záměn lze využít při molekulární identifikaci treponemálních kmenů.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.