Komparativní genomová sekvenace (CGS) kmenů rodu Treponema.

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Pedagogickou fakultu, ale pod Lékařskou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

MATĚJKOVÁ Petra STROUHAL Michal ŠMAJS David

Rok publikování 2006
Druh Konferenční abstrakty
Fakulta / Pracoviště MU

Lékařská fakulta

Citace
Popis Treponema pallidum subsp. pallidum je obligátní lidský patogen a způsobuje onemocnění syfilis. Rod Treponema zahrnuje ještě další blízce příbuzné patogenní zástupce. Tyto druhy a poddruhy se liší mírou patogenity a invazivity pro člověka a nelze je morfologicky ani serologicky navzájem odlišit. Pro získání kompletní sekvence jednotlivých kmenů jsou zjištěné sekvenční změny kombinovány s výsledky WGF experimentů, zejména pro odhalení inzerovaných sekvencí do vyšetřovaného genomu. Metodou CGS jsme provedli srovnání kmenů SS14, Samoan D a Cuniculi A s kmenem Nichols. V genomu T. pallidum subsp. pallidum SS14 bylo v sekvenační fázi identifikováno 231 SNP. Klasické sekvenaci bylo podrobeno 20 úseků genomu. Celkem bylo nalezeno 320 SNP, 11 delecí a 15 inzercí (o délce 1-1255 bp). V genomu T. pallidum subsp. pertenue Samoan D bylo nalezeno 904 SNP. V genomu T. paraluiscuniculi Cuniculi A bylo identifikováno 5933 SNP.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.