Program for Analysis of Internal Motion in Molecular Dynamics Simulation

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Pedagogickou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Název česky Program pro analýzu vnitřních pohybů v molekulové dynamice
Autoři

NOVÁK Petr ŽÍDEK Lukáš MACEK Pavel PADRTA Petr SKLENÁŘ Vladimír

Rok publikování 2007
Druh Článek ve sborníku
Konference Konference mladých vědeckých pracovníků "Strukturní biofyzika makromolekul"
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
Obor Fyzikální chemie a teoretická chemie
Klíčová slova MD; PAIN; protein; dynamics;
Popis Molecular dynamics (MD) simulations of the proteins provide us huge amount of data describing coordinates of all atoms and their changes in course of time. This enables us to extract motional parameters of the studied molecule. For this purpose the program PAIN (Program for Analysis of Internal motioN) was written. It is written in C language so that the analysis of large amount of data is fairly fast and it should be rather easily portable on the majority of the current platforms. Some key features implemented in PAIN up to date are calculation of the : * correlation function of the vector * generalized order parameter * frequency dependent generalized order parameter * conformation dependent generalized order parameter * spatial distribution of the internuclear vector orientations * histogram of the dihedral angle (including number of modes and distribution parameters estimation) * conformation transitions analysis Program was tested on and used for an analysis of the MD simulation of the mouse Major Urinary Protein-I in an explicit solvent.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.