The use of Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization - Time of Flight Mass Spectrometry whole cell protein/peptide profiles for identification and characterization of lactic acid bacteria

Varování

Publikace nespadá pod Pedagogickou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Název česky Využití Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization - Time of Flight hmotnostní spektrometrie celobuněčných protein/peptidových profilů pro identifikaci a charakterizaci mléčných bakterií
Autoři

TESHIM Andrea ŠEDO Ondrej SEDLÁČEK Ivo ZDRÁHAL Zbyněk DRÁB Vladimír

Rok publikování 2010
Druh Konferenční abstrakty
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
Popis V mlékárenském průmyslu je důležité správně identifikovat a charakterizovat kultury. Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization - Time of Flight hmotnostní spektrometrie poskytuje unikátní a vysoce reprodukovatelný protein/peptidový profil. Metoda MALDI-MS je rychlá, citlivá, technicky nenáročná a vysoce reprodukovatelná. MALDI-MS profily jsou využívány pro přímou identifikaci mikroorganismů a pro monitorování jejich charakteristik a produktů. Identifikace je založena na porovnání profilů celobuněčných preparátů s databází profilů typových a referenčních kultur a je podkladem pro klasifikaci nových technologických kultur bakterií mléčného kvašení. Cílem naší studie bylo otestovat kapacitu MALDI MS analýzy pro spolehlivou identifikaci vybraných taxonů bakterií mléčného kvašení. Metodika: Po kultivaci kultury byly získány extrakty buněk podle standardizovaného protokolu přípravy vzorku pro analýzu. Extrakty byly pipetovány na MALDI destičku a překryty matricí kyseliny alfa-kyano-hydroxyskořicové a analyzovány přístrojem Ultraflex III (Bruker Daltonik). Data byla zpracována shlukovou analýzou s využitím BioTyper software (Bruker Daltonik). Výsledky: Byla získána reprodukovatelná spektra typovýcha referenčních kultur vybraných druhů bifidobakterií, laktobacilů a laktokoků. Proces optimalizace kultivačních podmínek neprokázal vliv kultivačního media, teploty, prodloužení kultivace a uchovávání vzorku na výsledné hmotnostní spektrum a následnou klasifikaci vzorku. Odlišili jsme 100 CCM a CCDM kmenů bakterií mléčného kvašení. Shluková analýza potvrdila aplikovatelnost MALDI-MS pro identifikaci kultur mléčných bakterií na úrovni druhů a v některých případech i poddruhů. Diskuze: Hlavní výhodou MALDI-MS je rychlost a snadná indentifikace kultivovatelných bakterií na úrovni rodů, druhů a poddruhů. Metoda je aplikovatelná pro identifikaci a charakterizaci nových probiotických kmenů. Práce byla podpořena projekty 2B08068 (NPVII), MSM0021622415, MSM0021622416 and LC06034.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.