FastGrid -- The Accelerated AutoGrid Potential Maps Generation for Molecular Docking

Varování

Publikace nespadá pod Pedagogickou fakultu, ale pod Fakultu informatiky. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Název česky	FastGrid -- akcelerované generování AutoGrid map pro molekulový docking
Autoři	OLŠÁK Marek FILIPOVIČ Jiří PROKOP Martin
Rok publikování	2010
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	Computing and Informatics
Fakulta / Pracoviště MU	Fakulta informatiky
Citace
Obor	Informatika
Klíčová slova	acceleration; GPU; CUDA; AutoDock; AutoGrid
Popis	Balík AutoDock je široce používaný software pro molekulové dokování. Skládá ze ze dvou hlavních programů -- AutoGridu pro předpočítání potenciálových gridových map a AutoDocku pro dokování do těchto map. V tomto článku prezentujeme akceleraci generování potenciálových map založenou na AutoGridu a její implementaci jménem FastGrid. Nejnáročnější výpočty jsou akcelerovány pomocí GPU, zbytek běží na CPU s nižší asymptotickou složitostí, které bylo dosaženo použitím sofistikovanějších datových struktur než v originálním AutoGridu. CPU implmentace je navíc paralelizována, aby dokázala využít stroje které mají více CPU jader než GPU. Naše implementace překonává originální AutoGrid více než 400x pro velké, ale ještě běřné molekuly a dostatečně velké mřížky.
Související projekty:	Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace