Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 835
2010
-
S3EPY: a Sparky extension for determination of small scalar couplings from spin-state-selective excitation NMR experiments
Journal of Biomolecular NMR, rok: 2010, ročník: 46, vydání: 2
-
SENSING HYDRATION AND MOBILITY AT THE VICINITY OF THE ACTIVE SITE OF ENZYMES BY MEANS OF FLUORESCENCE SPECTROSCOPY
Rok: 2010, druh: Další prezentace na konferencích
-
Simulations of 129Xe chemical shift of atomic xenon dissolved in liquid benzene
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
-
Solution structure of the N-terminal domain of Bacillus subtilis delta subunit of RNA polymerase and its classification based on structural homologs
Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, rok: 2010, ročník: 78, vydání: 7
-
SOLVING PHASE PROBLEM USING A SE-MET DERIVATIVE OF THE FLAVOENZYME NAD(P)H:ACCEPTOR OXIDOREDUCTASE (FERB)
Materials Structure, vol. 17, no. 1a (2010), rok: 2010
-
Srs2: the Odd-Job Man in DNA repair
DNA Repair, rok: 2010, ročník: 9, vydání: 3
-
Strategy for complete NMR assignment of disordered proteins with highly repetitive sequences based on resolution-enhanced 5D experiments
Journal of Biomolecular NMR, rok: 2010, ročník: 48, vydání: 3
-
Structural Dynamics of the Box C/D RNA Kink-Turn and Its Complex with Proteins: The Role of the A-Minor 0 Interaction, Long-Residency Water Bridges, and Structural Ion-Binding Sites Revealed by Molecular Simulations
Jouranl of Physical Chemistry B, rok: 2010, ročník: 114, vydání: 32
-
Structural studies of homoisoflavonoids: NMR spectroscopy, X-ray diffraction, and theoretical calculations
Journal of Molecular Structure, rok: 2010, ročník: 979, vydání: 1-3
-
Structural study of 8-azole derivatives of protoberberine alkaloids: experimental and quantum chemical approach
Tetrahedron, rok: 2010, ročník: 66, vydání: 47