Informace o projektu
Efektivní výpočty volných energií a konfiguračního vzorkování protein-proteinových interakcí

Informace

Projekt nespadá pod Pedagogickou fakultu, ale pod Středoevropský technologický institut. Oficiální stránka projektu je na webu muni.cz.
Kód projektu
GF15-34684L
Období řešení
1/2015 - 12/2017
Investor / Programový rámec / typ projektu
Grantová agentura ČR
Fakulta / Pracoviště MU
Středoevropský technologický institut
Spolupracující organizace
Universität für Bodenkultur Wien

Navrhovaný mezioborový projekt mezinárodního vědeckého týmu je zaměřen na vývoj efektivních metod výpočtu volných energií a konfiguračního vzorkování za účelem studia proteinových komplexů. Jako modelové systémy budou sloužit proteiny z rodiny 14­‐3­‐3 a jejich interakce s vybranými fosforylovanými proteiny/peptidy. V nevazebném stavu se vazebné oblasti interakčních partnerů proteinu 14­‐3-‐3 nachází v přirozeně neuspořádané konformaci. Jednotlivé konformační stavy vazebných proteinů budou studovány pomocí NMR experimentů s neuniformním vzorkováním v kombinaci s výpočetními metodami H­‐REMD a T­‐REMD. Dále bude v rámci projektu rozšířena metoda kombinující fitování třetího stupně/jedno-­‐krokovou perturbací za účelem vytvoření univerzálního modelu pro výpočet rozdílu volných energií mezi aminokyselinami. Na základě těchto dat budeme schopni efektivně předpovídat afinity vazebných partnerů proteinu 14‐3-3.

Publikace

Počet publikací: 9


Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.