Accelerated RMSD Calculation for Molecular Metadynamics

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Pedagogickou fakultu, ale pod Ústav výpočetní techniky. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

FILIPOVIČ Jiří PAZÚRIKOVÁ Jana KŘENEK Aleš SPIWOK Vojtěch

Rok publikování 2016
Druh Článek ve sborníku
Konference Proceedings of the 2016 European Simulation and Modelling Conference
Fakulta / Pracoviště MU

Ústav výpočetní techniky

Citace
Obor Informatika
Klíčová slova molecular metadynamics; RMSD; GPU acceleration
Přiložené soubory
Popis In this paper, we introduce GPU acceleration of RMSD approximation, which is computationally demanding task in molecular metadynamics. Comparing to tuned CPU implementation, we have reached 4.4x speedup using mid-end GPU. The scaling of our GPU implementation is sufficient to be usable in real-world application.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.