Cross-platform Data Analysis Reveals a Generic Gene Expression Signature for Microsatellite Instability in Colorectal Cancer

Logo poskytovatele
Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Pedagogickou fakultu, ale pod Fakultu informatiky. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

PAČÍNKOVÁ Anna POPOVICI Vlad

Rok publikování 2019
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj Biomed Research International
Fakulta / Pracoviště MU

Fakulta informatiky

Citace
www Full Text
Doi http://dx.doi.org/10.1155/2019/6763596
Klíčová slova genomic signature; colorectal cancer; cross-platform analysis; microsatellite instability
Popis Mikrosatelitová nestabilita (microsatellite instability, MSI) je výsledkem dysfunkce systému pro opravu párování DNA (DNA mismatch repair system). MSI hraje ústřední roli ve vývoji mnoha lidských nádorových onemocněních. U karcinomu tlustého střeva, i když je spojován s rezistencí na léčbu 5-fluorouracilem, je MSI příznivým prognostickým markerem. U karcinomů žaludku a endometria není jeho prognostická hodnota tak dobře prokázána. Nicméně rozpoznávání nádorů s MSI může být důležité pro predikci terapeutického účinku imunoterapie. Na mikročipových datasetech již bylo identifikováno několik genových expresních profilů, aby bylo možné porozumět regulačním mechanismům, které jsou základem mikrosatelitové nestability u kolorektálního karcinomu. V současné době existuje veliké množství datasetů genové exprese měřené pomocí mikročipových expreimentů. RNA-seq technologie se však stala rutinou pro transkripční analýzu. Nový MSI genový expresní profil, který je zde publikován, je první, který je funkční na dvou různých platformách, mikročipech a RNA-seq. V případě karcinomu tlustého střeva byla jeho odhadovaná přesnost (i) AUC = 0,94, 95% IS = (0,90 - 0,97) na RNA-seq a (ii) AUC = 0,95, 95% IS = (0,92 - 0,97) na mikročipech. Expresní profil obsahující 25 genů byl také validován na dvou nezávislých mikročipových datasetech karcinomu tlustého střeva. Navzdory tomu, že se jedná o MSI genový expresní profil karcinomu tlustého střeva a konečníku, zachoval si vysokou přesnost také u RNA-seq datasetu karcinomu žaludku a mikročipového datasetu karcinomu žaludku (AUC = 0,90, 95% IS = (0,85 - 0,94) a AUC = 0,83, 95% IS = (0,69 - 0,97) , resp.). Kromě toho si tento klasifikátor zachoval vysokou přesnost i při klasifikaci RNA-seq datasetu karcinomu endometria (AUC = 0,71, 95% IS = (0,62 - 0,81). Tyto výsledky ukazují, že nový genový expresní profil byl schopen odstranit rozdíly specifické pro danou platformu a současně si zachoval základní biologické rozdíly mezi fenotypy MSI / MSS u vzorků karcinomu tlustého střeva.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.