Rapidly Display Glycan Symbols in 3D Structures: 3D-SNFG in LiteMol

Logo poskytovatele
Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Pedagogickou fakultu, ale pod Středoevropský technologický institut. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

SEHNAL David GRANT O.C.

Rok publikování 2019
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj Journal of Proteome Research
Fakulta / Pracoviště MU

Středoevropský technologický institut

Citace
www http://dx.doi.org/10.1021/acs.jproteome.8b00473
Doi http://dx.doi.org/10.1021/acs.jproteome.8b00473
Klíčová slova oligosaccharide; glycan; carbohydrate; glycoprotein; SNFG; 3D-SNFG; visualization; LiteMol; structure; symbol nomenclature for glycans
Popis The representation of carbohydrates in 3D space using symbols is a powerful visualization method, but such representations are lacking in currently available visualization software. The work presented here allows researchers to display carbohydrate 3D structures as 3D-SNFG symbols using LiteMol from a web browser (e.g., v.litemol.org/?loadFromCS=5T3X). Any PDB ID can be substituted at the end of the URL. Alternatively, the user may enter a PDB ID or upload a structure. LiteMol is available at https://v.litemol.org and automatically depicts any carbohydrate residues as 3D-SNFG symbols. To embed LiteMol in a webpage, visit https://github.com/dsehnal/LiteMol.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.