| Popis |
Haloalkanedehalogenasy jsou mikrobiální enzymy se schopností štěpit vazbu mezi uhlíkem a halogenem v halogenovaných alifatických uhlovodících. Tyto enzymy lze využívat pro bioremediace, jako průmyslové biokatalyzátory a biosenzory. Detailně jsou prostudovány haloalkandehalogenasy DhlA z Xanthobacter autotrophicus GJ10 [1], DhaA z Rhodococcus rhodochrous NCIMB 13064 [2] a LinB ze Sphingomonas paucimobilis UT26 [3]. V genomových databázích bylo nalezeno několik sekvencí, které vykazují sekvenční podobnost s dosud prostudovanými haloalkandehalogenasami a o kterých se proto domníváme, že kódují nové haloalkandehalogenasy. Protein Rv2579 z Mycobacterium tuberculosis H37Rv má 68% sekvenční podobnost s LinB. Gen rv2579 byl přenesen do Escherichia coli, protein Rv2579 byl exprimován, purifikován a byla ověřena jeho schopnost katalyzovat odbourávání halogenovaných uhlovodíků. Vzrůstající počet členů rodiny haloalkandehalogenas vyžaduje podrobnější charakterizaci, např. srovnáním substrátových specificit. Pro sadu 31 substrátů a všechny známé haloalkandehalogenasy jsou stanovovány katalytické konstanty. Data budou zpracována vícerozměrnou statistickou metodou - analýzou hlavních komponent [4]. Výsledek statistické analýzy umožní studovat strukturně-funkční vztahy u haloalkandehalogenas. Shrnutí znalostí o struktuře a funkci v rámci jedné proteinové rodiny bude důležitým příspěvkem ke znalostem evoluce proteinů. Reference: 1. Verschueren, K.H.G., Seljee, F., Rozeboom, H.J., Kalk, K.H., Dijkstra, B.W. (1993) Crystallographic analysis of the catalytic mechanism of haloalkane dehalogenase. Nature 363, 693-698 2. Newman, J., Peat, T.S., Richard, R., Kan, L., Swanson, P.E., Affholter, J.A., Holmes, I.H., Schindler, J.F., Unkefer, C.J., Terwilliger, T.C. (1999) Haloalkane dehalogenase: structure of a Rhodococcus enzyme. Biochemistry 38, 16105-16114 3. Marek, J., Vevodova, J., Kuta-Smatanova, I., Nagata, Y., Svensson, L.A., Newman, J., Takagi, M., Damborsky, J. (2000) Crystal structure of the haloalkane dehalogenase from Sphingomonas paucimobilis UT26. Biochemistry 39, 14082-14086 4. Wold, S., Esbensen, K., Geladi, P. (1987) Principal Component Analysis. Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems 2, 37-52
|