Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy

• Název česky: Acquiarium: Volný software na snímání a analýzy 3D obrazů buněk ve fluorescenční mikroskopii
• Autoři: MATULA Pavel; MAŠKA Martin; DANĚK Ondřej; MATULA Petr; KOZUBEK Michal
• Rok publikování: 2009
• Druh: Článek ve sborníku
• Konference: IEEE International Symposium on Biomedical Imaging
• Fakulta / Pracoviště MU: Fakulta informatiky
• www: http://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2009.5193258
• Obor: Počítačový hardware a software
• Klíčová slova: free software; fluorescence microscopy; image acqusition; 3D image analysis; image cytometry
• Popis: Článek popisuje volný software (nazývaný Acquiarium, http://cbia.fi.muni.cz/acquiarium.html) k provádění sledu kroků, který se objevuje v mnoha studiích buněk pomocí fluorescenční mikroskopie. Software pojímá zachycení obrazu, korekci surových dat, segmentaci obrazu, kvantifikaci a prostorová měření segmentovaných objektů, objemové vizualizace, a statistické vyhodnocení. Software je navržen pro snadné zpracování kolekce mnoha 3D obrazů. Může však být použitý i pro analýzu kolekce 2D obrazu nebo časové série 2D nebo 3D obrazů. Má modulární návrh a je rozšiřitelný pomocí zásuvných modulů. Článek podává základní přehled o softwarů a jeho klíčových myšlenkách.

Související projekty

• Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů