The study on Fnr-type transcription regulators functions in bacterium Paracoccus denitrificans using proteomics, transcriptomics and bioinformatics tools
| Název česky | Studium funkce transkripčních regulátorů Fnr typu u bakterie Paracoccus denitrificans pomocí proteomických, transcriptomických and bioinformatických nástrojů |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2009 |
| Druh | Konferenční abstrakty |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Popis | Paracoccus denitrificans je fakultativně autotropní půdní bakterie, která reaguje na snižující se hladinu kyslíku v prostředí přechodem z aerobního do anaerobního růstového módu. V naší práci jsme analyzovali úlohu tří transkripčních regulátorů FNR-typu (FnrP, NNR a NarR), u nichž byly popsány funkce senzorů pro kyslík, dusitan a oxid dusnatý pomocí proteomických, transkriptomických a bioinformatických nástrojů k popisu jejich rolí na globální úrovni v adaptačních procesech. Proteinové složení čtyř kmenů P. denitrificans (divoký kmen a FnrP-, NNR- and NarR- mutanti) rostlých aerobně, semiaerobně a semiaerobně s dusičnanem bylo analyzováno pomocí souboru 36 dvoudimenzionálních gelů, jejich statistického vyhodnocení a identifikace více než 500 proteinů. Změny v expresi klíčových genových produktů byly nezávisle sledovány pomocí qRT-PCR. Komparativní proteomová analýza potvrdila kromě dalších výsledků změny v expresi tří denitrifikačních enzymů (nitrát reduktasy, nitrit reduktasy a reduktasy oxidu dusného), proteinů OmpW a UspA. Tyto nálezy jsou v souladu se známými mechanismy, a/nebo potvrdily pozice známých FNR-boxů v promotorech kódujících genů. Detekce dalších skupin regulovaných proteinů (SDR dehydrogenasy, TonB receptory) poukazuje na zapojení dalších regulačních mechansimů do studovanch adaptačních procesů. Byly diskutovány důkazy pro potenciální zapojení transkripčních regulátorů dalších skupin (LysR, MarR and two-component system regulators). Práce byla podpořeba projekty Grantové agentury ČR (grant No. 203/07/P0471) Ministerstva školství ČR (grant No. MSM0021622413). |
| Související projekty: |