Unraveling an FNR based regulatory circuit in Paracoccus denitrificans using a proteomics-based approach

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Pedagogickou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Název česky Analýza účinku regulačních proteinů FNR typu u bakterie Paracoccus denitrificans pomocí přístupů na bázi proteomiky
Autoři

BOUCHAL Pavel STRUHÁROVÁ Iva BUDINSKÁ Eva ŠEDO Ondrej VYHLÍDALOVÁ Tereza ZDRÁHAL Zbyněk VAN SPANNING Rob KUČERA Igor

Rok publikování 2010
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
www Odkaz na článek
Doi http://dx.doi.org/10.1016/j.bbapap.2010.01.016
Obor Biochemie
Klíčová slova Paracoccus denitrificans; FNR transcription regulator; Respiratory switch; Two-dimensional gel electrophoresis; Proteome
Popis Metabolické přepnutí z aerobní do anaerbní respirace u bakterie Paracoccus denitrificans je regulováno současným účinkem tří regulátorů FNR typu: FnrP, NNR a NarR, což jsou senzory pro kyslík, oxid dusnatý a dusitan. V této práci jsme analyzovali proteinové složení čtyř kmenů (divoký kmen, FnrP-, NNR- a NarR- mutantních kmenů) rostlých aerobně, semiaerobně and semiaerobně s dusičnanem za účelem odhalení globální úlohy regulátorů FNR typu na proteinové úrovni s validací dat na úrovni transkriptů a genomu. Byly získány expresní profily pomocí dvourozměrné elektroforézy pro 737 proteinových spotů, v nichž bylo identifikováno 640 proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie. Webově dostupná anotovaná 2-D mapa (http://www.mpiib-berlin.mpg.de/2D-PAGE/) poskytuje nejkomplexnější pokrytí proteomu P. denitrificans. Naše výsledky odhalily několik typů regulace: (1) FnrP-řízená regulace reduktasy oxidu dusného a proteinů UspA a OmpW byla potvrzena na úrovni proteinu, transkriptu a DNA (pozice FNR boxů). (2) Proteiny regulované prostřednictvím dalších regulátorů, včetně proteinů zapojených do NNR a NarR regulonů: beta-podjednotka nitrátreduktasy, TonB-dependentní receptory, nitritreduktasa, TenA-type transkripční regulátor TenA a neznámý protein typu alpha/beta hydrolase fold. (3) Proteiny jejichž exprese byla ovlivněna převážně růstovými podmínkami. Tato skupina obsahuje SSU ribosomal protein S305/sigma-54 modulation protein a dva proteiny typu short-chain reductase dehydrogenase proteins.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.