Unraveling an FNR based regulatory circuit in Paracoccus denitrificans using a proteomics-based approach
| Název česky | Analýza účinku regulačních proteinů FNR typu u bakterie Paracoccus denitrificans pomocí přístupů na bázi proteomiky |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2010 |
| Druh | Článek v odborném periodiku |
| Časopis / Zdroj | Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| www | Odkaz na článek |
| Doi | http://dx.doi.org/10.1016/j.bbapap.2010.01.016 |
| Obor | Biochemie |
| Klíčová slova | Paracoccus denitrificans; FNR transcription regulator; Respiratory switch; Two-dimensional gel electrophoresis; Proteome |
| Popis | Metabolické přepnutí z aerobní do anaerbní respirace u bakterie Paracoccus denitrificans je regulováno současným účinkem tří regulátorů FNR typu: FnrP, NNR a NarR, což jsou senzory pro kyslík, oxid dusnatý a dusitan. V této práci jsme analyzovali proteinové složení čtyř kmenů (divoký kmen, FnrP-, NNR- a NarR- mutantních kmenů) rostlých aerobně, semiaerobně and semiaerobně s dusičnanem za účelem odhalení globální úlohy regulátorů FNR typu na proteinové úrovni s validací dat na úrovni transkriptů a genomu. Byly získány expresní profily pomocí dvourozměrné elektroforézy pro 737 proteinových spotů, v nichž bylo identifikováno 640 proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie. Webově dostupná anotovaná 2-D mapa (http://www.mpiib-berlin.mpg.de/2D-PAGE/) poskytuje nejkomplexnější pokrytí proteomu P. denitrificans. Naše výsledky odhalily několik typů regulace: (1) FnrP-řízená regulace reduktasy oxidu dusného a proteinů UspA a OmpW byla potvrzena na úrovni proteinu, transkriptu a DNA (pozice FNR boxů). (2) Proteiny regulované prostřednictvím dalších regulátorů, včetně proteinů zapojených do NNR a NarR regulonů: beta-podjednotka nitrátreduktasy, TonB-dependentní receptory, nitritreduktasa, TenA-type transkripční regulátor TenA a neznámý protein typu alpha/beta hydrolase fold. (3) Proteiny jejichž exprese byla ovlivněna převážně růstovými podmínkami. Tato skupina obsahuje SSU ribosomal protein S305/sigma-54 modulation protein a dva proteiny typu short-chain reductase dehydrogenase proteins. |
| Související projekty: |