Correlated evolution of LTR retrotransposons and genome size in the genus Eleocharis

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Pedagogickou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Název česky Korelovaná evoluce LTR retrotranspozonů a velikosti genomu v rodě Eleocharis
Autoři

ZEDEK František ŠMERDA Jakub ŠMARDA Petr BUREŠ Petr

Rok publikování 2010
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj BMC Plant Biology
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
www http://www.biomedcentral.com/1471-2229/10/265/
Obor Botanika
Klíčová slova genome size evolution; retrotransposon dynamics; Cyperaceae; phylogeny
Popis Transpozony (TES) jsou zodpovědné za změny velikosti genomu a genetické variability popř. fenotypové plasticity u eukaryot. Většina znalostí o TES pochází z velkých genomových projektů modelových organismů. Dynamika TE mezi příbuznými taxony v přírodních populacích, kde se spolupůsobí rovněž polyploidie a chromozomální přestavby, zůstává posud nepochopena. Zaměřili jsme se na holokinetický rod Eleocharis (Cyperaceae), vykazující velké rozdíly ve velikosti genomu. Zjistili jsme pozitivní korelaci mezi nezávislými fylogenetické kontrasty a velikosti genomu a počtem chromozomů u Eleocharis.. Pomocí real-time PCR a dot blot metod, jsme zjistili zvyšující se hustotu Ty1-Copia u evolučně mladších druhů Eleocharis a našli pozitivní korelaci mezi Ty1-Copia hustoty a velikostí chromosomů. Kromě toho, naše analýza Ty1-Copia sekvencí identifikovala podrodinu retrotransposon Helos1, která je především zodpovědná za celkové zvýšení hustoty Ty1-Copia. Naše výsledky také potvrzují výskyt jak polyploidie tak agmatoploidie/symploidie v rodu Eleocharis.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.