Diverse retrotransposon families and an AT-rich satellite DNA revealed in giant genomes of Fritillaria lilies

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Pedagogickou fakultu, ale pod Středoevropský technologický institut. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Název česky Různé rodiny transpozonů a AT bohaté satelitní repetice zjištěny v obřích genome rodu Fritillaria
Autoři

AMBROŽOVÁ Kateřina MANDÁKOVÁ Terezie BUREŠ Petr NEUMANN Pavel LEITCH Ilia J. KOBLÍŽKOVÁ Andrea MACAS Jiří LYSÁK Martin

Rok publikování 2011
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj Annals of Botany
Fakulta / Pracoviště MU

Středoevropský technologický institut

Citace
www http://aob.oxfordjournals.org/content/107/2/255.full.pdf+html
Doi http://dx.doi.org/10.1093/aob/mcq235
Obor Botanika
Klíčová slova Liliaceae; repetitive DNA; transposable elements; retrotransposon; heterochromatin; satellite repeats; chromosomes; genome size variation
Popis Byl identifikován podíl repetic pokrývající 6,7 resp. 4,7% v rámci obřích genomů Fritillaria affinis resp. F. imperialis. Převládající frakcí LTR retrotranspozonů byly přitom Chromoviry a Tat podrodina v rámci Ty3/gypsy. Kromě toho, heterogenní, mimořádně AT bohaté repetice byly izolovány z genomů F. affinis a několika jiných druhů Liliorhiza. Nicméně žádný vztah mezi obsahem heterochromatinu a velikostí genomu variace byla prokázán. Oproti předpokladu, že za obří genomy v rámci genomů druhů rodu Fritillaria je zodpovědný jeden typ transpozonů se zdá být pravděpodobnější, že za tento nárůst je zodpovědné velké množství různých rodin. Předpokládáme proto, že za genomovou obezitu je zodpovědné selhání mechanizmů odstraňování transpozonů, které jinak balancuje jejich amplifikaci.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.