Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 835
2011
-
Biology and Bioinformatics
Rok: 2011, druh: Další prezentace na konferencích
-
Bioluminescent assay as a tool for monitoring metabolic activity of acidophilic bacteria
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
Burkholderia cenocepacia BC2L-C Is a Super Lectin with Dual Specificity and Proinflammatory Activity
PLoS Pathogens, rok: 2011, ročník: 7, vydání: 9, DOI
-
Carbohydrate CH/pi interactions – Theoretical investigation of the favourable regions in the carbohydrate surroundings
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
Combination of Transverse and Longitudinal Diffusion as a Generic Approach for Reactants Mixing inside the Capillary
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
Comparison of protein structural motifs – challenges and algorithms. Improved approach and case studies
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
Comparison of Two Electrophoretic Methods Documented by Separation of Dextromethorphan and its Metabolites
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
Complementation of 3D structure of delta subunit of RNA polymerase from Bacillus subtilis with description of internal motions in terms of reduced spectral density mapping
MATERIALS STRUCTURE, rok: 2011, ročník: 18, vydání: 1
-
Computational study of the dimethylphosphate hydrolysis as the reference system for the understanding of the restriction endonucleases mechanism
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
Crystallization and Preliminary X-ray Diffraction Analysis of the Wild-Type Haloalkane Dehalogenase DhaA and its Variant DhaA13 Complexed with Different Ligands
Acta Crystallographica F, rok: 2011, ročník: 67, vydání: 67, DOI