Informace o projektu
Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů
(Biomarker)
- Kód projektu
- 2B06052
- Období řešení
- 7/2006 - 6/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Zdravý a kvalitní život
- Fakulta / Pracoviště MU
- Fakulta informatiky
- Klíčová slova
- zpracování obrazu; optická mikroskopie; buněčné jádro; prostorové uspořádání; exprese genů; mikročipy; nádorová onemocnění; diagnostické markery
- Spolupracující organizace
-
Vysoké učení technické v Brně
- Odpovědná osoba doc. RNDr. Pavel Smrž, Ph.D.
- Odpovědná osoba Ing. Miloslav Richter, Ph.D.
Předmětem výzkumu budou nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s genomickými a proteomickými technikami značení a sledování vybraných součástí buňky pomohou při vytipování markerů, screeningu a časné diagnostice nádorových onemocnění. U těchto postupů zpracování obrazových dat se zaměříme nejen na kvalitu a robustnost, ale také na rychlost a na možnost vysokého stupně automatizace. Budou zkoumány možnosti zvýšení rychlosti bez snížení kvality mimo jiné pomocí hardwarové akcelerace vybraných metod zpracování obrazu pomocí speciálních počítačových karet. Zrychlení a automatizace anlýzy obrazů buněk a jejich součástí jsou nutnými předpoklady pro zvýšení množství zpracovaných buněk či pacientů a tím i počtu studií, statistické významnosti výsledků a pro umožnění zkoumání i řídkých jevů. Projekt bude realizován v úzké spolupráci mezi molekulárními biology a informatiky.
Výsledky
Cílem projektu je vyvinout nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s výzkumem genomických a proteomických technik pomohou s vytipováním markerů, screeningu a diagnostice nádorových onemocnění.
Publikace
Počet publikací: 121
2007
-
Interactive Transcription Maps Over Microarray Data
Rok: 2007, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)
-
JABS-I
Rok: 2007
-
Large-scale Microarray Analysis of Protein and mRNA Level Changes in HL-60 Cells
Rok: 2007, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)
-
On Generating Ground-truth Time-lapse Image Sequences and Flow Fields
Proceedings of the Fourth International Conference on Informatics in Control, Automation and Robotics, rok: 2007
-
On Simulating 3D Fluorescent Microscope Images
Computer Analysis of Images and Patterns, rok: 2007
-
Precise simulation of 3D fluorescence microscope image formation
Rok: 2007, druh: Vyžádané přednášky
-
Pseudo-real Image Sequence Generator for Optical Flow Computations
Proceedings of 15th Scandinavian Conference on Image Analysis, rok: 2007
-
Simulace degradace obrazu v optické mikroskopii
Rok: 2007, druh: Vyžádané přednášky
-
Towards Reliable Autofocusing in Automated Microscopy
Proceedings of the 4th International Conference on Informatics in Control, Automation and Robotics, rok: 2007
-
TransMap Viewer
Rok: 2007