Informace o projektu
Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů
(Biomarker)
- Kód projektu
- 2B06052
- Období řešení
- 7/2006 - 6/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Zdravý a kvalitní život
- Fakulta / Pracoviště MU
- Fakulta informatiky
- Klíčová slova
- zpracování obrazu; optická mikroskopie; buněčné jádro; prostorové uspořádání; exprese genů; mikročipy; nádorová onemocnění; diagnostické markery
- Spolupracující organizace
-
Vysoké učení technické v Brně
- Odpovědná osoba doc. RNDr. Pavel Smrž, Ph.D.
- Odpovědná osoba Ing. Miloslav Richter, Ph.D.
Předmětem výzkumu budou nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s genomickými a proteomickými technikami značení a sledování vybraných součástí buňky pomohou při vytipování markerů, screeningu a časné diagnostice nádorových onemocnění. U těchto postupů zpracování obrazových dat se zaměříme nejen na kvalitu a robustnost, ale také na rychlost a na možnost vysokého stupně automatizace. Budou zkoumány možnosti zvýšení rychlosti bez snížení kvality mimo jiné pomocí hardwarové akcelerace vybraných metod zpracování obrazu pomocí speciálních počítačových karet. Zrychlení a automatizace anlýzy obrazů buněk a jejich součástí jsou nutnými předpoklady pro zvýšení množství zpracovaných buněk či pacientů a tím i počtu studií, statistické významnosti výsledků a pro umožnění zkoumání i řídkých jevů. Projekt bude realizován v úzké spolupráci mezi molekulárními biology a informatiky.
Výsledky
Cílem projektu je vyvinout nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s výzkumem genomických a proteomických technik pomohou s vytipováním markerů, screeningu a diagnostice nádorových onemocnění.
Publikace
Počet publikací: 121
2010
-
Isolation of granulocytes: Which transcriptome do we analyze neutrophils or eosinophils?
FOLIA BIOLOGICA, rok: 2010, ročník: 56, vydání: 6
-
Quantification of Fluorescent Spots in Time Series of 3-D Confocal Microscopy Images Based on the HMAX Transform
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
-
Quantification of Fluorescent Spots in Time Series of 3D Confocal Microscopy Images of Endoplasmic Reticulum Exit Sites Based on the HMAX Transform
Proceedings of SPIE Medical Imaging, rok: 2010
-
Simultaneous Tracking of Multiple Objects Using Fast Level Set-Like Algorithm
6th Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science, rok: 2010
-
SUV39h- and A-type Lamin-Dependent Telomere Nuclear Rearrangement
Journal of Cellular Biochemistry, rok: 2010, ročník: 109, vydání: 5, DOI
-
SUV39h-independent association of HP1b with fibrillarin-positive nucleolar regions
Chromosoma, rok: 2010, ročník: 119, vydání: 3, DOI
-
The role of chromatin condensation during granulopoiesis in the regulation of gene cluster expression
Epigenetics, rok: 2010, ročník: 5, vydání: 8, DOI
-
Time lapse living cells microscopy for studying CML: Preparation of Abl1- and Bcr/Abl - fluorescent protein vectors using Gateway technology
Advances in Molecular and Cancer Biology, 2010, rok: 2010
-
To divide or not to divide? How human embryonic stem cells deal with extra chromosomes?
Rok: 2010, druh: Další prezentace na konferencích
-
Too much of a good thing can harm: deregulation of centrosome number in human embryonic stem cells
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty