Informace o projektu
Segmentace a trekování živých buněk v multimodálních obrazech
- Kód projektu
- GA17-05048S
- Období řešení
- 1/2017 - 12/2019
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Fakulta informatiky
Segmentace a sledování pohybu živých buněk patří do oblasti zpracování biomedicínských obrazů a jsou extrémně důležité v současném výzkumu buněk. Nedávná studie nejmodernějších metod sledování pohybu buněk prokázala, že problém segmentace a sledování pohybu není po informatické stránce dosud uspokojivě vyřešen. Zejména je nutný výzkum a vývoj technik vhodných pro heterogenní buněčné populace a pro zobrazovací techniky, které neumožňují specifické označení sledovaných objektů. V projektu budeme vyvíjet metody pro hierarchickou segmentaci a sledování pohybu, které budou vhodné pro různé obrazové modality a jejich kombinace a budou jednoduše použitelné zejména pro heterogenní buněčné populace. Dále budeme studovat chování a možnosti metod na reálných i simulovaných obrazech. Navržené metody budeme testovat na obrazových datech z veřejných srovnávacích databází akceptovaných biomedicínskou komunitou ale i nově generovaných obrazech. Projekt přispěje k řešení obtížných problémů při segmentaci a sledování pohybu objektů ve vícedimenzionálních časosběrných obrazových záznamech.
Publikace
Počet publikací: 9
2020
-
Image-based Simulations of Tubular Network Formation
17th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, rok: 2020
2019
-
CytoPacq: A web-interface for simulating multi-dimensional cell imaging
Bioinformatics, rok: 2019, ročník: 35, vydání: 21, DOI
-
Deep-Learning-Based Segmentation of Small Extracellular Vesicles in Transmission Electron Microscopy Images
Scientific Reports, rok: 2019, ročník: 9, vydání: 13211, DOI
-
DIC Image Segmentation of Dense Cell Populations by Combining Deep Learning and Watershed
IEEE 16th International Symposium on Biomedical Imaging, rok: 2019
-
On Generative Modeling of Cell Shape Using 3D GANs
Image Analysis and Processing – ICIAP 2019, rok: 2019
-
Toward Robust Fully 3D Filopodium Segmentation and Tracking in Time-Lapse Fluorescence Microscopy
26th IEEE International Conference on Image Processing, rok: 2019
-
Visual and Quantitative Comparison of Real and Simulated Biomedical Image Data
Computer Vision – ECCV 2018 Workshops, rok: 2019
2018
-
Tubular Network Formation Process Using 3D Cellular Potts Model
Simulation and Synthesis in Medical Imaging, rok: 2018
2017
-
Multimodal Simulations in Live Cell Imaging
Simulation and Synthesis in Medical Imaging, rok: 2017