Informace o projektu
Molecular portraits of major morphological components of colon tumors

Informace

Projekt nespadá pod Pedagogickou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka projektu je na webu muni.cz.

Kód projektu

GA19-08646S

Období řešení

1/2019 - 6/2022

Investor / Programový rámec / typ projektu

Grantová agentura ČR

Standardní projekty

Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

doc. Ing. Vlad Popovici, PhD

Další fakulta/pracoviště MU

Středoevropský technologický institut

prof. RNDr. Ondřej Slabý, Ph.D.

Spolupracující organizace

Masarykův onkologický ústav Brno

Odpovědná osoba Mgr. Eva Budinská, Ph.D.

Intra-tumor heterogeneity (ITH) is a major hurdle towards designing and selecting effective therapies and constitutes probably one of the main sources of treatment resistance. In this project we will investigate the ITH from a transcriptomics perspective by analyzing the spatial variability of whole-genome expression profiles within stage II-III primary colon tumors. Expression profiles extracted from morphologically well-defined regions within tumors will be used for building characteristic molecular portraits and for studying the stability of current prognostic gene signatures and consensus molecular subtype (CMS) classifiers. By anchoring the RNA extraction to clear tissue architecture landmarks, we improve the reproducibility of expression profiling and, thus, of expression-based prognostic signatures and classifiers. Additionally, these data will allow bioinformatic analyses for expression signal decomposition into individual components related to specific morphologies.

Cíle udržitelného rozvoje

Masarykova univerzita se hlásí k cílům udržitelného rozvoje OSN, jejichž záměrem je do roku 2030 zlepšit podmínky a kvalitu života na naší planetě.

Publikace

Počet publikací: 3

2023

IntOMICS: A Bayesian Framework for Reconstructing Regulatory Networks Using Multi-Omics Data

PAČÍNKOVÁ Anna POPOVICI Vlad

Článek v odborném periodiku

Journal of Computational Biology, rok: 2023, ročník: 30, vydání: 5, DOI
Molecular portraits of colorectal cancer morphological regions

BUDINSKÁ Eva HRIVŇÁKOVÁ Martina CATELA IVKOVIĆ Tina BOUDNÁ Marie NENUTIL Rudolf BENCSIKOVÁ Beatrix AL TUKMACHI Dagmar RUČKOVÁ Michaela DUBSKÁ Lenka SLABÝ Ondřej FEIT Josef MIHNEA-PAUL Dragomir BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ Petra TEJPAR Sabine POPOVICI Vlad

Článek v odborném periodiku

eLife, rok: 2023, ročník: 12, vydání: Nov, DOI

2022

Using empirical biological knowledge to infer regulatory networks from multi-omics data

PAČÍNKOVÁ Anna POPOVICI Vlad

Článek v odborném periodiku

BMC Bioinformatics, rok: 2022, ročník: 23, vydání: 1, DOI