Informace o projektu
Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum
- Kód projektu
- GA310/04/0021
- Období řešení
- 1/2004 - 12/2006
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Lékařská fakulta
- prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.
- prof. MUDr. Iva Slaninová, Ph.D.
- prof. MUDr. Jan Šmarda, DrSc.
- Klíčová slova
- treponema pallidum, fukkční genomika, DNA čipy
Genom spirochety Treponema pallidum byl kompletně sekvenován v roce 1998. Treponema pallidum subspecies pallidum je etiologickým agens syfilis. Tuto spirochetu není možné kultivovat v podmínkách in vitro, což znemožňuje použití klasických molekulárně genetických metod pro studium této bakterie. Proto navrhujeme použití metod funkční gtenomiky a DNA microarrays. Připravili jsme BAC knihovnu T. pallidum v E. coli, která v 19 klonech obsahuje 98,7 % všech genů T. pallidum. Současně jsme připravili DNA microarray čip, který obsahuje PCR produkty všech 1039 predikovaných genů T. pallidum.i). Knihovna T. pallidum bude použita pro zjišťování rozdílů mezi klony testovanými za různých podmínek. Zjištěné rozdíly budou použity pro identifikaci genových funkcí. ii). Příbuzný druh T. paraluiscuniculi, způsobující infekce králíků a nepatogenní pro člověka, bude použit pro mapování genomu na DNA i na mRNA úrovni. Zjištěné rozdíly budou vztaženy k rozdílné virulenci obou spirochet a k patogenezi obou (odlišných) onemocnění.iii) Předpovězené regulační geny T. pallidum budou individuálně naklonovány na malé, BAC kompatibilní plasmidy, a transformovány do všech 19 klonů knihovny. RNA izolována z těchto klonů bude porovnána s kontrolní RNA a regulační funkce klonovaných genů bude ověřena. Současně budou identifikovány kosmidové geny T. pallidum, jejichž exprese je ovlivněna těmito regulátory. Podobná regulace genové exprese je pravděpodobně asociována s podobnou funkcí takto regulovaných genů.
Publikace
Počet publikací: 45
2006
-
Identifikace a charakterizace sigma-54 závislých promotorů Treponema pallidum.
Rok: 2006, druh: Konferenční abstrakty
-
Komparativní genomika patogenních kmenů T. pallidum.
X. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků., rok: 2006
-
Komparativní genomika patogenních kmenů T. pallidum.
Rok: 2006, druh: Konferenční abstrakty
-
Komparativní genomová sekvenace (CGS) kmenů rodu Treponema.
Rok: 2006, druh: Konferenční abstrakty
-
Komparativní genomová sekvenace (CGS): nový typ sekvenování bakteriálních genomů.
X. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků., rok: 2006
-
Molekulárně-biologická diagnostika spirochety Treponema pallidum v biologickém materiálu.
X. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků., rok: 2006
-
Molekulární detekce a typizace Treponema pallidum subsp. pallidum v klinickém materiálu.
Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie., rok: 2006, ročník: 55, vydání: 3
-
Oligonucleotide array sequencing of T.pallidum ssp. pallidum strain SS14.
Gordon Research Conference 2006, Biology of Spirochetes., rok: 2006
-
Restrikční mapování blízce příbuzných spirochet rodu Treponema.
Rok: 2006, druh: Konferenční abstrakty
-
Sekvenace heterologních oblastí genomu T. pallidum sussp. pertenue kmene Samoan D: cesta ke kompletní genomové sekvenci původce yaws.
Rok: 2006, druh: Konferenční abstrakty