Project information
Studium hydratace a flexibility enzymů pomocí pokročilých strukturních a biofyzikálních metod

Information

This project doesn't include Faculty of Education. It includes Faculty of Science. Official project website can be found on muni.cz.

Project Identification

GA17-24321S

Project Period

1/2017 - 12/2019

Investor / Pogramme / Project type

Czech Science Foundation

Standard Projects

MU Faculty or unit

Faculty of Science

doc. Mgr. Radka Chaloupková, Ph.D.

Cooperating Organization

University of South Bohemia České Budějovice

Responsible person doc. Mgr. Ivana Kutá Smatanová, Ph.D.

Komplexní pohled na struktury proteinů, solvataci, dynamiku a funkci se neustále vyvíjí a je zcela zásadní tam, kde vnitřní flexibilita proteinu úzce souvisí s enzymovou katalýzou. Hlavním cílem projektu je popsat souvislosti mezi hydratací, konformační dynamikou a katalýzou vybraných modelových enzymů. Tři modelové systémy, zahrnující halogenalkandehalogenasy DhaAwt, DhaA31, několik LinB variant s modifikovanými přístupovými tunely a také blízce příbuzná luciferasa, budou studovány pomocí metod rentgenové a neutronové krystalografie, časově rozlišené krystalografie a metody výměny vodíku za deuterium spojené s hmotnostní spektrometrií. Na základě pečlivě navržených experimentů a kombinací informací získaných z různých, ale vzájemně se doplňujících technik, budeme schopni získat (i) detailní popis konformačních změn vybraných enzymů na základě jejich interakcí se substráty, (ii) určit polohu atomů vodíku uvnitř aktivního místa enzymu a v přístupových tunelech a (iii) popsat protonační stav katalytických aminokyselin enzymů v průběhu jejich katalytického cyklu.

Publications

Total number of publications: 13

2018

Impact of the access tunnel engineering on catalysis is strictly ligand-specific

KAUSHIK Shubhangi MARQUES Sérgio Manuel KHIRSARIYA Prashant Kumar PARUCH Kamil LIBICHOVÁ Lenka BREZOVSKÝ Jan PROKOP Zbyněk CHALOUPKOVÁ Radka DAMBORSKÝ Jiří

Article in Periodical

the FEBS Journal, year: 2018, volume: 285/2018, edition: 8, DOI

2017

Different Structural Origins of the Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases toward Linear beta-Haloalkanes: Open–Solvated versus Occluded–Desolvated Active Sites

LIŠKOVÁ Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ Veronika BEDNÁŘ David BREZOVSKÝ Jan PROKOP Zbyněk CHALOUPKOVÁ Radka DAMBORSKÝ Jiří

Article in Periodical

Angewandte Chemie International Edition, year: 2017, volume: 56, edition: 17, DOI
Haloalkane dehalogenases as a subject for crystallographic studies

SMATANOVA Ivana Kuta IERMAK Iuliia CHALOUPKOVÁ Radka DAMBORSKÝ Jiří

Conference abstract

Year: 2017, type: Conference abstract