Informace o projektu
Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
- Kód projektu
- NR8967
- Období řešení
- 1/2006 - 12/2009
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo zdravotnictví ČR
- Resortní program výzkumu a vývoje - MZ
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Lékařská fakulta
- prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.
- Mgr. Petra Pospíšilová, Ph.D.
- prof. MUDr. Jan Šmarda, DrSc.
- Klíčová slova
- Treponema pallidum, srovnávací genomika, PCR diagnostika, nukleotidové polymorfismy
- Spolupracující organizace
-
Fakultní nemocnice U sv. Anny Brno
- Odpovědná osoba doc. MUDr. Vladana Woznicová, Ph.D.
- Odpovědná osoba Mgr. Monika Dvořáková Heroldová, Ph.D.
- Odpovědná osoba prof. MUDr. Miroslav Votava, CSc.
- Odpovědná osoba MUDr. Jana Račovská
Projekt předpokládá vyšetření desítek až set kmenů a izolátů pddruhu T. pallidum ssp. apllidum v hypervariabilních oblastech genomu. Rozdíly v těchto sekvencích budou použity pro identifikaci individuálních kmenů tohoto poddruhu.
Rozdíly v genomech kmenů a izolátů poddruhu T. pallidum ssp. pallidum budou zjišťovány po PCR amplifikaci sekvenací PCR produktů. Bude navržen zjednodušený protokol na identifikaci nejčastějších kmenů na základě PCR aplifikace a RFLP.
Publikace
Počet publikací: 90
2006
-
Diagnostika spirochety Treponema pallidum v biologických vzorcích pomocí PCR.
Rok: 2006, druh: Konferenční abstrakty
-
Identifikace a charakterizace sigma-54 závislých promotorů Treponema pallidum.
Rok: 2006, druh: Konferenční abstrakty
-
Komparativní genomika patogenních kmenů T. pallidum.
X. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků., rok: 2006
-
Komparativní genomika patogenních kmenů T. pallidum.
Rok: 2006, druh: Konferenční abstrakty
-
Komparativní genomová sekvenace (CGS) kmenů rodu Treponema.
Rok: 2006, druh: Konferenční abstrakty
-
Komparativní genomová sekvenace (CGS): nový typ sekvenování bakteriálních genomů.
X. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků., rok: 2006
-
Molekulárně-biologická diagnostika spirochety Treponema pallidum v biologickém materiálu.
X. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků., rok: 2006
-
Restrikční mapování blízce příbuzných spirochet rodu Treponema.
Rok: 2006, druh: Konferenční abstrakty
-
Sekvenace heterologních oblastí genomu T. pallidum sussp. pertenue kmene Samoan D: cesta ke kompletní genomové sekvenci původce yaws.
Rok: 2006, druh: Konferenční abstrakty
-
Studium promotorů Treponema pallidum: charakterizace promotorů pro faktor sigma-54.
X. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků., rok: 2006